Bioinformatik, 5,5 hp

Kandidat- eller yrkesexamen om minst 180 högskolepoäng inom biomedicin, bioteknik, cell- och molekylärbiologi eller medicin.

Efter genomgången kurs skall studenten kunna:

Avseende kunskap och förståelse
* förklara och beskriva teorier och metoder som används inom bioinformatiken,
* redogöra för hur bioinformatiska metoder används inom biomedicinsk forskning,
Avseende färdighet och förmåga
* använda olika bioinformatiska tekniker,
* analysera bioinformatiska data,
Avseende värderingsförmåga och förhållningssätt
* kritiskt bedöma och utvärdera vilka metoder som bör användas för att lösa specifika bioinformatiska frågeställningar.

Kursen behandlar både sekvensrelaterad och icke sekvensrelaterad bioinformatik innefattande databaser och hantering av sekvensdata, parvis jämförelser, multipla jämförelser och fylogeni. Vidare behandlas:
* bioinformatikportaler och olika sökmotorer,
* mönster och motiv för DNA och proteiner,
* profilsökning och strukturförutsägelser,
* molekylmodellering med liganddockningar,
* enzymdatabaser samt hantering av microarray- och genontologidata,
En kort bakgrund ges till de algoritmer som används i de olika programmen.

Undervisningen innefattar föreläsningar, demonstrationer samt grupp- och dataövningar med inlämningsuppgifter. Data-analyserna kommer att utföras med webbaserade program.

Kursen examineras genom en skriftlig tentamen.

Obligatorisk närvaro
Ingen obligatorisk närvaro, men alla arbets- och inlämningsuppgifter måste vara godkända. Närvaro på föreläsningar och övningar rekommenderas starkt.

Begränsning av antal prov- eller praktiktillfällen
De studenter som inte är godkända efter ordinarie provtillfälle har rätt att delta vid ytterligare fem provtillfällen. Om den studerande inte är godkänd efter fyra provtillfällen rekommenderas denna att gå om kursen vid nästa ordinarie kurstillfälle, och får därefter delta vid ytterligare två provtillfällen. Om studenten genomfört sex underkända tentamina/prov ges inte något ytterligare tentamenstillfälle eller någon ny kursplats.

Som provtillfälle räknas de gånger studenten deltagit i ett och samma prov. Inlämning av blank skrivning räknas som provtillfälle. Provtillfälle till vilket studenten anmält sig med inte deltagit räknas inte som provtillfälle.

Examinator bedömer om och i så fall hur frånvaro från obligatoriska utbildningsinslag kan tas igen. Innan studenten deltagit i de obligatoriska utbildningsinslagen eller tagit igen frånvaro i enlighet med examinators anvisningar kan inte studieresultaten slutrapporteras. Frånvaro från ett obligatoriskt utbildningsinslag kan innebära att den studerande inte kan ta igen tillfället förrän nästa gång kursen ges.

Om det föreligger särskilda skäl, eller behov av anpassning för student med funktionsnedsättning, får examinator fatta beslut om att frångå kursplanens föreskrifter om examinationsform, antal examinationstillfällen, möjlighet till komplettering eller undantag från obligatoriska utbildningsmoment, m.m. Innehåll och lärandemål samt nivån på förväntade färdigheter, kunskaper och förmågor får inte ändras, tas bort eller sänkas.

Kursen är nedlagd och gavs för sista gången VT2021. Examination enligt denna kursplan ges sista gången under VT 2023 för
studenter som inte fullföljt kursen med godkänt resultat. Inom övergångsperioden kommer sex examinationstillfällen att erbjudas.

Undervisningen sker på engelska.

Kursutvärdering kommer att genomföras enligt de riktlinjer som är fastställda av Styrelsen för utbildning.