Datoranalys av proteomikdata, 4,5 hp

Kandidat- eller yrkesexamen om minst 180 hp inom biomedicin, bioteknik, cell- och molekylärbiologi, medicin eller motsvarande examen. Dessutom krävs Engelska B/Engelska 6 med lägst betyget godkänd/E.

Proteomikplattformar används i stor utsträckning i biomedicinsk forskning för att mäta hela proteomer och för att karakterisera deras posttranslationella ändringar. I likhet med data från andra omics-plattformar måste den resulterande informationen från proteomikplattformar bearbetas korrekt för att få högkvalitativa resultat och tolkningar. Kursen ger grundläggande kunskaper om den mest populära proteomikmetoden, peptidmasspektrometri och de olika stegen i dataanalysen. Dessutom introduceras vanliga begrepp för kvalitetskontroll och kvantitativ analys.
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
 
1. förklara de grundläggande begreppen gällande peptidmasspektrometri,
2. diskutera olika experimentella metoder för att kvantifiera proteiner,
3. beskriva dataanalysstegen från råspektra till tolkning,
4. tillämpa kvalitetskontroll av proteomikdata,
5. använda verktyg för kvantitativ analys.

Kursen behandlar följande ämnen:

1. Grunderna i proteomik och masspektrometri
2. Experimentell design och statistik
3. Identifiering av proteiner och post-translationella modifieringar
4. Differentiell och funktionell analys
5. Visualisering och kvalitetskontroll
6. Proteomik-databaser

Kursen är på masternivå, där studenter antas känna till de vanligaste studiemetoderna inom högre utbildning. Den grundläggande pedagogiska synen bygger på lärande som en aktiv forskningsprocess. Inlärningsaktiviteter inkluderar:
 
1. On-line videor
2. Strukturerade inlärningsaktiviteter (Open EdX-plattform)
3. On-line uppgifter

Onlineuppgifter och slutlig skriftlig rapport. Betygsätts U/G

Obligatoriskt deltagande
Detta är en online-kurs som drivs från University of Southern Denmark. För att genomföra kursen måste studenten delta i och utföra alla undervisnings- och inlärningsaktiviteter.

Examinator bedömer om och i så fall hur frånvaro från obligatoriska utbildningsinslag kan tas igen. Innan studenten deltagit i de obligatoriska utbildningsinslagen eller tagit igen frånvaro i enlighet med examinators anvisningar kan inte studieresultaten slutrapporteras. Frånvaro från ett obligatoriskt utbildningsinslag kan innebära att den studerande inte kan ta igen tillfället förrän nästa gång kursen ges.

Begränsning av antal prov- eller praktiktillfällen
De studenter som ej är godkända efter ordinarie provtillfälle har rätt att delta vid ytterligare fem provtillfällen. Om studenten genomfört sex underkända tentamina/prov ges inte något ytterligare tentamenstillfälle eller någon ny kursplats.

Som provtillfälle räknas de gånger studenten deltagit i ett och samma prov. Inlämning av blank skrivning räknas som provtillfälle. Provtillfälle till vilket studenten anmält sig med inte deltagit räknas inte som provtillfälle.

Om det föreligger särskilda skäl, eller behov av anpassning för student med funktionsnedsättning, får examinator fatta beslut om att frångå kursplanens föreskrifter om examinationsform, antal examinationstillfällen, möjlighet till komplettering eller undantag från obligatoriska utbildningsmoment, m.m. Innehåll och lärandemål samt nivån på förväntade färdigheter, kunskaper och förmågor får inte ändras, tas bort eller sänkas.

Kursen är nedlagd och gavs för sista gången höstterminen 2023. Kursen är ersatt med annan kurs och examination erbjuds enligt riktlinjer i kursplanen för 4BI131. 

Kursen drivs av Institutionen för biokemi och molekylärbiologi, Syddansk universitet, Odense som en online-kurs.

Kursen ges på engelska och examination är på engelska.

Kursutvärdering kommer att genomföras enligt de riktlinjer som är fastställda av Kommittén för utbildning.