Kursplan för Tillämpad biostatistik

Applied biostatistics

Särskild behörighet

Kandidat- eller yrkesexamen om minst 180 hp inom biomedicin, bioteknik, cell- och molekylärbiologi, medicin eller motsvarande examen. Dessutom krävs Engelska B/Engelska 6 med lägst betyget godkänd/E.

Mål

Kursen syfte är att ge studenterna kännedom om statistiska begrepp samt verktyg för att relatera biologiska utfall till möjliga förklarande variabler.
Kursen fokuserar i huvudsak på regressionsmodellering.

Efter genomgången kurs ska studenten kunna:

Avseende kunskap och förståelse

• förklara konceptet slumpmässig variation i biologiska företeelser samt beskriva hur den är relaterad till vetenskapliga observationsstudier och experimentella studier,
• beskriva vilka statistiska metoder som är lämpliga för att kvantifiera slumpmässiga och systematiska effekter i komplexa biologiska data,
• diskutera skillnaden mellan förklarande och prediktiv modellering.

Avseende färdighet och förmåga

• välja och anpassa multivariata regressionsmodeller av medelhög komplexitet genom att använda ett standard statistikprogram,
• använda R-programmering för dataanalys, statistik modellering och tolka resultaten

Avseende värderingsförmåga och förhållningssätt

• utvärdera och integrera empiriska bevis i förhållande till biostatistiska problem och biostatistik-litteraturen
• visa insikter i de etiska dimensionerna i statistisk analys och hur resultaten rapporteras

Innehåll

Slumpmässighet i biologiska observationer. Data från experiment och observationsstudier. Datatyper: nominala, ordinala och kontinuerliga variabler. Deskriptiva mått. Grafisk presentation. Sannolikhetsbegrepp. Sannolikhetsfördelningar. Parameterskattning: medelvärde, andel, kvot, standardavvikelse, standardfel. Begrepp inom statistisk inferens: konfidensintervall och hypotesprövning. Elementära parametriska hypotestest. Enkel linjär regression. Multipel linjär regression. Linjära modeller. Kontinuerliga och kategoriska prediktorer. Kovarianters roll. Samspel (interaktioner). Ickelinjär effekt på kovarianter. Modellanpassning och diagnostik. Generaliserade linjära modeller och logistisk regression. Överlevnadsanalys och Cox regressionsmodell. Kvantilregression. Metoder för longitudinella data. Användning av R i dataanalys, visualisering och statistisk modellering, med stöd av praktisk träning med R-funktioner och -paket.

Arbetsformer

Undervisningen innefattar föreläsningar, praktiska datorövningar och uppgifter.

Examination

Examinationen, som betygsätts U/G/VG, består av en skriftlig tentamen.

Obligatoriskt deltagande
Examinator bedömer om och i så fall hur frånvaro från obligatoriska utbildningsinslag kan kompenseras för. Studenten måste delta i de obligatoriska utbildningsinslagen eller ta igen frånvaro i enlighet med examinators anvisningar för att klara kursen. Frånvaro från ett obligatoriskt utbildningsinslag kan innebära att den studerande inte kan göra detta utbildningsinslag förrän nästa gång kursen ges.

Begränsning av antal prov- eller praktiktillfällen
Student som ej är godkänd efter första examinationstillfället har rätt att delta vid ytterligare fem examinationstillfällen. Om studenten inte är godkänd efter fyra examinationstillfällen, rekommenderas han/hon att ta kursen nästa ordinarie kurstillfälle och kan, efter det, delta i två ytterligare examinationstillfällen. Om studenten genomfört sex underkända tentamina/prov ges inte något ytterligare examinationstillfälle.

Som provtillfälle räknas när studenten fysiskt närvarat eller på annat sätt deltagit vid en examination. Inlämning av icke ifylld examinationsuppgift som provtillfälle. Provtillfälle till vilket studenten anmält sig men inte deltagit räknas inte som ett provtillfälle.

Anpassning av examination
Om det föreligger särskilda skäl, eller behov av anpassning för student med funktionsnedsättning, får examinator fatta beslut om att frångå kursplanens föreskrifter om examinationsform, antal examinationstillfällen, möjlighet till komplettering eller undantag från obligatoriska utbildningsmoment, m.m. Innehåll och lärandemål samt nivån på förväntade färdigheter, kunskaper och förmågor får inte ändras, tas bort eller sänkas.

Övriga föreskrifter

Kursen ges på engelska och examinationen är på engelska.

Kursutvärdering kommer att genomföras enligt de riktlinjer som är fastställda av Kommittén för utbildning.

Muntlig utvärdering, kursråd, kommer att genomföras under kursen.

Litteraturlista och övriga läromedel

Rekommenderad litteratur

• Altman, Douglas G., Practical statistics for medical research, London : Chapman and Hall, 1991 - xii, 611 s. ISBN: 0-412-38620-8 (hft.), LIBRIS-ID: 8286190,
• Bland, Martin, An introduction to medical statistics, 3. ed., [Nachdr.] : Oxford : Oxford University Press, 2009 - XVI, 405 S ISBN: 978-0-19-263269-2, LIBRIS-ID: 11926588,
• Dalgaard, Peter, Introductory statistics with R, 2. ed. : New York : Springer, cop. 2008 - xvi, 363 s. ISBN: 978-0-387-79053-4 (pbk. : alk. paper), LIBRIS-ID: 11305121,
• Pagano, Marcello; Gauvreau, Kimberlee, Principles of biostatistics, 2. ed. : Pacific Grove : Duxbury, cop. 2000 - xvi, 525 s. , [42] s. ISBN: 0-534-22902-6 ; No price, LIBRIS-ID: 5036554,
• Rosner, Bernard, Fundamentals of biostatistics, 6. ed. : Belmont, Calif. : Thomson/Brooks/Cole, cop. 2006 - xx, 868 p. ISBN: 0534418201, LIBRIS-ID: 9942420,