Kursplan för Bioinformatik

Bioinformatics

Särskild behörighet

Kandidat- eller yrkesexamen om minst 180 hp inom biomedicin, bioteknik, cell- och molekylärbiologi, medicin eller motsvarande examen. Dessutom krävs Engelska B/Engelska 6 med lägst betyget godkänd/E.

Mål

Efter avslutad kurs ska studenten kunna:

Kunskap och förståelse:
- Demonstrera kunskap och förståelse för omfattningen av området bioinformatik
- Redogöra för forskningsfrågor och problem inom biomedicin där bioinformatikanalyser används och hur bioinformatikverktyg kan bidra till den allmänna kunskapen om biologiska system
- Förklara den teoretiska bakgrunden och underliggande betydelsen för grundläggande bioinformatikmetoder
- Relatera bioinformatiska analyser till ett systembiologiskt tillvägagångssätt till biomedicinska forskningsfrågor
- Beskriva grundläggande principer i god vetenskaplig forskningssed och hantering av hälsodata

Kompetens och färdigheter
- Definiera biomedicinska forskningsfrågor som involverar användningen av bioinformatikdata och utforma ett bioinformatikbaserat tillvägagångssätt för datainsamling och analys
- Kritiskt bedöma och utvärdera olika metoder och metoder som används i bioinformatikanalyser av data
- Planera experimentell design och kritiskt utvärdera lämpligheten av de olika metoderna och teknikerna (såsom olika sekvenseringsmetoder för nukleinsyror) för att samla in data för bioinformatikanalys
- Tillämpa och integrera bioinformatikresurser och verktygför att besvara en biomedicinsk fråga
- Tillämpa grundläggande programmeringsförmåga vid analys av datamängder

Bedömning och tillvägagångssätt
- Reflektera kritiskt över de möjligheter, begränsningar och etiska utmaningar som framsteg inom bioinformatik medför som en del av hälsodatavetenskapen
- Visa kunskap om de nya utmaningarna och möjligheterna av bioinformatik i ett societalt sammanhang, till ett exempel ett globalt perspektiv för hälsa eller hållbar utveckling

Innehåll

Kursen omfattar centrala kunskaper och färdigheter inom bioinformatik som används i biomedicinsk forskning, inklusive kritisk analys och tillämpning av olika metoder och verktyg för insamling och dataanalys. Bioinformatik diskuteras som ett fält som kombinerar en bred uppsättning av kunskaper och verktyg från olika discipliner, i syfte att förstå komplexa biologiska och biomedicinska system genom att analysera och förstå olika typer av data som produceras i biologisk och biomedicinsk forskning. Fokus ligger mycket på de grundläggande praktiska verktygen för analys sekvens- och genuttrycksdata inklusive grundläggande programmeringsfärdigheter, genomik samt bioinformatikbaserad struktur och funktionsanalys av biomolekyler. Biomedicinska tillämpningar inkluderar simulerade DNA- och RNA-sekvenseringsprosser och samt simulerad design och analys av CRISPR-modifierade organismer. Definition av forskningsproblem och utvärdering av olika forskningsmetoder och tillvägagångssätt studeras i kontext med forskningsetik, GDPR, god vetenskaplig praxis, vetenskaplig kommunikation och folkhälsoperspektiv samt global hälsa. Grundläggande begrepp för lagarbete och projektmedlemskap och projektledning är integrerade i kursens Team Based Learning-delar.

Arbetsformer

Lärandeaktiviteterna inkluderar hybridinlärningsaktiviteter samt Team Based Learning-aktiviteter, med både små- och storgruppsundervisning. Det finns föreläsningar, lessions, demonstrationer, datoranalyser, skriftliga och muntliga kommunikationsövningar. Delarna av kursen med Team Based Learning inkluderar peer learning och teamwork-element.

Examination

Examinationen består av tre delar:

- individuell etisk reflektion, skriftlig uppgift
- individual analys av okänd sekvensdata, "Mystery DNA-sekvens", skriftlig uppgift
- individuell skriftlig tentamen, summativ examination

För att få godkänt på kursen krävs godkänt på alla tre delar. Alla tre delar av examination bidrar till kursbetyget, Underkänd (U), Godkänd (G) eller Väl Godkänd (VG).

Obligatoriskt deltagande
Deltagande i datorövningar och TBL-moduler är obligatoriskt.

Examinator bedömer om och i så fall hur frånvaro från obligatoriska utbildningsinslag kan kompenseras för. Studenten måste delta i de obligatoriska utbildningsinslagen eller ta igen frånvaro i enlighet med examinators anvisningar för att klara kursen. Frånvaro från ett obligatoriskt utbildningsinslag kan innebära att den studerande inte kan göra detta utbildningsinslag förrän nästa gång kursen ges.

Begränsning av antal examinationationstillfällen
Student som ej är godkänd efter första examinationstillfället har rätt att delta vid ytterligare fem examinationstillfällen. Om studenten inte är godkänd efter fyra examinationstillfällen, rekommenderas han/hon att ta kursen nästa ordinarie kurstillfälle och kan, efter det, delta i två ytterligare examinationstillfällen. Om studenten genomfört sex underkända tentamina/prov ges inte något ytterligare examinationstillfälle.

Som provtillfälle räknas när studenten fysiskt närvarat eller på annat sätt deltagit vid en examination. Inlämning av icke ifylld examinationsuppgift som provtillfälle. Provtillfälle till vilket studenten anmält sig men inte deltagit räknas inte som ett provtillfälle.

Anpassning av examination
Om det finns särskilda skäl, eller ett behov av anpassning för en student med funktionsnedsättning, kan examinator besluta att avvika från kursplanens föreskrifter på tentamen, antalet tentamöjligheter, möjligheten till tillägg eller undantag från den obligatoriska delen / kursens kurs etc. Innehåll och lärandemål samt nivån på förväntade färdigheter, kunskaper och förmågor får inte ändras, tas bort eller minskas.

Övriga föreskrifter

Undervisningen sker på engelska och examaningering är på engelska.

Kursutvärdering kommer att genomföras enligt de riktlinjer som är fastställda av Kommittén för utbildning.