Kursplan för Datoranalys av proteomikdata

Computational proteomics

Särskild behörighet

Kandidat- eller yrkesexamen om minst 180 hp inom biomedicin, bioteknik, cell- och molekylärbiologi, medicin eller motsvarande examen. Dessutom krävs Engelska B/Engelska 6 med lägst betyget godkänd/E.

Mål

Proteomikplattformar används i stor utsträckning i biomedicinsk forskning för att mäta hela proteomer och för att karakterisera deras posttranslationella ändringar. I likhet med data från andra omics-plattformar måste den resulterande informationen från proteomikplattformar bearbetas korrekt för att få högkvalitativa resultat och tolkningar. Kursen ger grundläggande kunskaper om den mest populära proteomikmetoden, peptidmasspektrometri och de olika stegen i dataanalysen. Dessutom introduceras vanliga begrepp för kvalitetskontroll och kvantitativ analys.
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:

1. förklara de grundläggande begreppen gällande peptidmasspektrometri,
2. diskutera olika experimentella metoder för att kvantifiera proteiner,
3. beskriva dataanalysstegen från råspektra till tolkning,
4. tillämpa kvalitetskontroll av proteomikdata,
5. använda verktyg för kvantitativ analys.

Innehåll

Kursen behandlar följande ämnen:

1. Grunderna i proteomik och masspektrometri
2. Experimentell design och statistik
3. Identifiering av proteiner och post-translationella modifieringar
4. Differentiell och funktionell analys
5. Visualisering och kvalitetskontroll
6. Proteomik-databaser

Arbetsformer

Kursen är på masternivå, där studenter antas känna till de vanligaste studiemetoderna inom högre utbildning. Den grundläggande pedagogiska synen bygger på lärande som en aktiv forskningsprocess. Inlärningsaktiviteter inkluderar:

1. On-line videor
2. Strukturerade inlärningsaktiviteter (Open EdX-plattform)
3. On-line uppgifter

Examination

Onlineuppgifter och slutlig skriftlig rapport. Betygsätts U/G

Obligatoriskt deltagande
Detta är en online-kurs som drivs från University of Southern Denmark. För att genomföra kursen måste studenten delta i och utföra alla undervisnings- och inlärningsaktiviteter.

Examinator bedömer om och i så fall hur frånvaro från obligatoriska utbildningsinslag kan kompenseras för. Studenten måste delta i de obligatoriska utbildningsinslagen eller ta igen frånvaro i enlighet med examinators anvisningar för att klara kursen. Frånvaro från ett obligatoriskt utbildningsinslag kan innebära att den studerande inte kan göra detta utbildningsinslag förrän nästa gång kursen ges.

Begränsning av antal prov- eller praktiktillfällen
Student som ej är godkänd efter första examinationstillfället har rätt att delta vid ytterligare fem examinationstillfällen. Om studenten inte är godkänd efter fyra examinationstillfällen, rekommenderas han/hon att ta kursen nästa ordinarie kurstillfälle och kan, efter det, delta i två ytterligare examinationstillfällen. Om studenten genomfört sex underkända tentamina/prov ges inte något ytterligare examinationstillfälle.

Som provtillfälle räknas när studenten fysiskt närvarat eller på annat sätt deltagit vid en examination. Inlämning av icke ifylld examinationsuppgift som provtillfälle. Provtillfälle till vilket studenten anmält sig men inte deltagit räknas inte som ett provtillfälle.

Anpassning av examination
Om det föreligger särskilda skäl, eller behov av anpassning för student med funktionsnedsättning, får examinator fatta beslut om att frångå kursplanens föreskrifter om examinationsform, antal examinationstillfällen, möjlighet till komplettering eller undantag från obligatoriska utbildningsmoment, m.m. Innehåll och lärandemål samt nivån på förväntade färdigheter, kunskaper och förmågor får inte ändras, tas bort eller sänkas.

Övriga föreskrifter

Kursen drivs av Institutionen för biokemi och molekylärbiologi, Syddansk universitet, Odense som en online-kurs.

Kursen ges på engelska och examination är på engelska.

Kursutvärdering kommer att genomföras enligt de riktlinjer som är fastställda av Kommittén för utbildning.

Denna kurs ersätter kursen Datoranalys av proteomikdata, 4,5 hp (4BI111) och kan inte ingå i examen tillsammans med sistnämnda kurs.

Litteraturlista och övriga läromedel

Onlinematerial i Open EdX med länkar till ytterligare litteratur, utbildningsmaterial och programvara.