Kursplan för Biostatistik

Biostatistics

Särskild behörighet

Kandidat‐ eller yrkesexamen om minst 180 hp varav/samt minst 10 hp i matematik samt minst 20 hp inom livsvetenskap (exempelvis cellbiologi, biokemi, mikrobiologi, genteknologi eller molekylärbiologi). Dessutom krävs Engelska B/Engelska 6 med lägst betyget godkänd/E.

Mål

Syftet med kursen är att ge studenten förståelse för grundläggande statistiska begrepp och verktyg
för dataanalys inom modern forskning inom molekylär livsvetenskap. Verktyg och metoder kommer
att introduceras för tekniker som relaterar biologiska utfall till flera möjliga förklaringsvariabler.

Efter genomgången kurs ska studenten kunna:

Avseende kunskap och förståelse

• förklara begreppet slumpmässig variation i biologiska fenomen när det gäller experimentella och observationsstudier inom forskning,
• förklara skillnaden mellan hypotestestning och intervalluppskattning och sambandet mellan p-värden och konfidensintervall,
• beskriva lämpliga statistiska metoder för att kvantifiera slumpmässiga och systematiska effekter i biologiska data
• diskutera skillnaden mellan förklarande och prediktiv modellering

Avseende färdighet och förmåga

• välja och utföra ett lämpligt statistiskt test för att jämföra två grupper, utföra hypotestestning med hjälp av statistisk programvara och tolka resultaten,
• välja och anpassa multivariabla regressionsmodeller av varierande komplexitet med hjälp av statistisk programvara,
• kommunicera resultaten på ett sätt som lämpar sig för muntlig presentation och vetenskaplig publicering

Avseende värderingsförmåga och förhållningssätt

• utvärdera och integrera empiriska bevis i relation till biostatistiska problem och biostatistisk litteratur,
• överväga de etiska aspekterna av statistiska analyser och hur resultaten rapporteras

Innehåll

Syftet med kursen är att träna studenten i statistiska begrepp och verktyg som används vid analys av biologiska data. Både teoretiska och praktiska moment kommer att inkluderas i kursen. Kursen kommer att komplettera övriga kurser i programmet med ett bioinformatiskt perspektiv. Under kursen kommer att introduceras:

(a) grundläggande begrepp och metoder (inklusive begrepp så som sannolikhet, sannolikhetsfördelningar, statistisk slutledning: konfidensintervall och hypotestest)

(b) statistisk modellering och multivariabla regressionsmetoder (inklusive multivariabel linjär regression, kontinuerliga och kategoriska prediktorer, logistisk regression, Cox proportional hazardsmodeller)

(c) modellering och klassificering av högdimensionella data (inklusive multiple testing,
avståndsberäkningar och klustring, klassificeringsalgoritmer, korsvalidering)

Arbetsformer

I undervisningen ingår föreläsningar och laborationer. Dessa kommer att kompletteras med andra former av lärandeaktiviteter såsom gruppdiskussioner. Kursen fokuserar på aktivt lärande, det vill säga att omsätta kunskap i praktiken och kritisk reflektion.

Examination

Examination, som betygsätts underkänd/godkänd/väl godkänd, består av en skriftlig inlämningsuppgift, en muntlig presentation och en individuell skriftlig tentamen. Skriftliga inlämningsuppgifter ska lämnas in innan kursens slut enligt de tider som anges i schemat.

Obligatoriskt deltagande
Det är obligatoriskt att närvara vid introduktionen till kursen och de lärandeaktiviteter där uppgifterna presenteras/diskuteras.

Examinator bedömer om och i så fall hur frånvaro från obligatoriska utbildningsinslag kan kompenseras för. Studenten måste delta i de obligatoriska utbildningsinslagen eller ta igen frånvaro i enlighet med examinators anvisningar för att klara kursen. Frånvaro från ett obligatoriskt utbildningsinslag kan innebära att den studerande inte kan göra detta utbildningsinslag förrän nästa gång kursen ges.

Begränsning av antal prov- eller praktiktillfällen
Student som ej är godkänd efter första examinationstillfället har rätt att delta vid ytterligare fem examinationstillfällen. Om studenten inte är godkänd efter fyra examinationstillfällen, rekommenderas han/hon att ta kursen nästa ordinarie kurstillfälle och kan, efter det, delta i två ytterligare examinationstillfällen. Om studenten genomfört sex underkända tentamina/prov ges inte något ytterligare examinationstillfälle.

Som provtillfälle räknas när studenten fysiskt närvarat eller på annat sätt deltagit vid en examination. Inlämning av icke ifylld examinationsuppgift som provtillfälle. Provtillfälle till vilket studenten anmält sig men inte deltagit räknas inte som ett provtillfälle.

Anpassning av examination
Om det föreligger särskilda skäl, eller behov av anpassning för student med funktionsnedsättning, får examinator fatta beslut om att frångå kursplanens föreskrifter om examinationsformer, antal examinationstillfällen, möjlighet till komplettering eller undantag från obligatoriska utbildningsmoment med mera. Innehåll och lärandemål samt nivån på förväntade färdigheter, kunskaper och förmågor får inte ändras, tas bort eller sänkas.

Övriga föreskrifter

Kursen ges på engelska

Litteraturlista och övriga läromedel

Specifikt studiematerial och artiklar kommer att tillhandahållas under kursen.