Kursplan för Biostatistik 2: Metoder och tillämpningar

Biostatistics 2: Methods and applications

Särskild behörighet

Lägst betyget G på kursen Biostatistik 1: Introduktion till biostatistik.

Mål

Kursen syftar till att utrusta studenten med kunskap och förståelse för ett antal statistiska metoder som är vanligt förekommande inom biomedicinsk forskning och som kompletterar eller utökar metoder som omfattas av andra obligatoriska kurser i programmet. Kursen syftar också till att utrusta studenten med kompetens, färdigheter och omdöme att tillämpa statistiska metoder inom biomedicinsk forskning. Dessutom syftar kursen till att utrusta studenten med kompetens, färdigheter och omdöme för att möta de praktiska utmaningar som samarbetande eller konsulterande biostatistiker står inför inom biomedicinsk forskning.

Efter genomgången kurs ska studenten kunna:

Avseende Kunskap och förståelse

• Visa en förståelse för varför klustring (icke-oberoende) av observationer måste beaktas för giltig slutledning.
• Beskriva hur mekanismer för "missing" data definieras/klassificeras och visa förståelse för hur det analytiska förhållningssättet och missingmekanismen påverkar giltigheten av slutledning vid analys av ofullständig data i biomedicinsk forskning.
• Visa förståelse för det grundläggande problemet med kausal inferens och kunskap om lämpliga tillvägagångssätt för statistisk analys av orsak och verkan baserat på observationsdata inom biomedicinsk forskning.

Avseende färdighet och förmåga

• Tillämpa lämpliga metoder inom området kausal inferens för att undersöka samband och dra giltiga kausala slutsatser från observationsdata inom biomedicinsk forskning.
• Visa kompetens i att analysera komplexa data inom biomedicinsk forskning, inklusive men inte begränsat till saknade ("missing") data, korrelerade data och genetiska data.
• Kommunicera resultaten av biomedicinska forskningsstudier effektivt, både skriftligt och muntligt, till olika gruper, inklusive forskare, kliniker och intressenter.

Avseende förhållningssätt och värderingsförmåga

• Visa insikt i vetenskapens och teknikens roll i samhället och människors ansvar för hur den används för hållbar utveckling.
• Identifiera och mildra problem relaterade till tvivelaktiga forskningsmetoder, såsom p-hacking, datamuddring, HARKing och cherry-picking, för att upprätthålla integriteten hos biomedicinsk forskning.

Innehåll

Kursen innehåller både teoretiska och praktiska (hands-on dataanalys) moment. Kursen kommer att ge en introduktion till följande statistiska begrepp och metoder:

• Metoder för ofullständiga/saknade ("missing") data
• Metoder för kausalanalys av observationsdata, inklusive riktade acykliska grafer, invers sannolikhetsviktning, propensity scores, regressionsstandardisering och semiparametrisk teori
• Metoder för korrelerade/klustring av data, inklusive upprepade mätningar
• Metoder för genetisk epidemiologi, inklusive metoder för multipel jämförelse och en introduktion till statistiska metoder för tvilling- och familjestudier
• Metoder för analys av high-throughput ('omics') data

Kursen kommer också att introducera studenterna till några av de praktiska utmaningar som samarbetande eller konsultativa biostatistiker möter inom biomedicinsk forskning: dessa inkluderar effektiv kommunikation med samarbetspartners för att förstå och formulera forskningsfrågor, grundlig problemformulering innan statistisk analys, organisering och hantering av dataflöden, tolkning och kommunikation av resultat till icke-statistiker, de lagliga ramarna för biomedicinsk forskning och några av de etiska dilemman som praktiserande biostatistiker ställs inför. Kursen kommer att erbjuda möjligheter till diskussion och reflektion samt praktisk färdighetsträning och utsätta studenterna för ett uppsättning konceptuella och tekniska verktyg för att möta dessa utmaningar. Specifika ämnen inkluderar följande:

• Reproducerbar forskning och rollen av statistiska analysplaner
• Problemen med p-hacking, datagrävning, HARKing, cherry-picking och andra tvivelaktiga forskningsmetoder
• Vetenskaplig kommunikation, inklusive praktiska färdigheter i att formulera och strukturera innehåll samt kunskap om retorik, skriv- och presentationsmetoder.
• Jämställdhet och mångfald; hållbar utveckling

Arbetsformer

Kursens centrala undervisningsformer är föreläsningar, teknikstött lärande (framför allt datorbaserad dataanalys), självstudier och grupparbeten. Kursen fokuserar på aktivt lärande, det vill säga att omsätta kunskap i praktiken och kritisk reflektion.

Examination

Examinationen består av uppgifter med skriftlig och/eller muntlig redovisning och en individuell skriftlig examination. Redovisningsmomenten i uppgifterna (t.ex. att hålla en muntlig presentation eller lämna in en skriftlig rapport) ska vara genomförda före kursslutet enligt de tider som anges i schemat.

Obligatoriskt deltagande
Det är obligatoriskt att närvara vid kursintroduktionen och de lärandeaktiviteter där inlämningsuppgifterna presenteras/diskuteras.

Examinator bedömer om och i så fall hur frånvaro från obligatoriska utbildningsinslag kan kompenseras för. Studenten måste delta i de obligatoriska utbildningsinslagen eller ta igen frånvaro i enlighet med examinators anvisningar för att klara kursen. Frånvaro från ett obligatoriskt utbildningsinslag kan innebära att den studerande inte kan göra detta utbildningsinslag förrän nästa gång kursen ges.

Begränsning av antal provtillfällen
Student som ej är godkänd efter första examinationstillfället har rätt att delta vid ytterligare fem examinationstillfällen. Om studenten inte är godkänd efter fyra examinationstillfällen, rekommenderas han/hon att ta kursen nästa ordinarie kurstillfälle och kan, efter det, delta i två ytterligare examinationstillfällen. Om studenten genomfört sex underkända tentamina/prov ges inte något ytterligare examinationstillfälle.

Som provtillfälle räknas när studenten fysiskt närvarat eller på annat sätt deltagit vid en examination. Inlämning av icke ifylld examinationsuppgift som provtillfälle. Provtillfälle till vilket studenten anmält sig men inte deltagit räknas inte som ett provtillfälle.

Anpassning av examination
Om det finns särskilda skäl eller ett behov av anpassning för en student med en funktionsnedsättning kan examinatorn besluta att avvika från kursplanens regler om examinationsformen eller möjligheten till komplettering eller befrielse från obligatoriska delar av kursen. Innehåll och lärandemål samt nivån för förväntade färdigheter, kunskaper och förmågor får inte ändras, tas bort eller minskas.

Övriga föreskrifter

Kursen ges på engelska

Litteraturlista och övriga läromedel

Studiematerial och referensartiklar kommer att tillhandahållas under kursen.